花蓮漁港休閒碼頭位於花蓮港北側，全國第一座規劃為娛樂漁船專用碼頭；以觀光立縣的花蓮縣，是最早發展賞鯨的縣市，於1997年7月全國首例第一艘賞鯨船在花蓮石梯漁港啟動開航，至今還有花蓮港四艘，石梯三艘等七艘賞鯨船加入行列，且還有賞鯨船陸續加入中。

民國八十八年花蓮縣政府農業局為保育鯨豚生長環境，並提高國人保育觀念，及協助賞鯨業者並鼓勵漁民改變，朝向休閒賞鯨的經營形態，開始規劃籌建花蓮休閒專用遊艇碼頭，於民國八十九年初在相關人員的大力支持展開了興建的腳步。

花東海域以抹香鯨、偽虎鯨、花紋海豚及弗氏海豚等都是最常出現的鯨豚，尤其以觀賞調皮的海豚是最有看頭，也是最受遊客讚不絕口，最適合的時期以每年的四月至六月為最高峰期。

距花蓮市區僅約十分鐘車程，交通相當便利，該碼頭係將港務局的舊房舍重新裝修而設立，打造得美侖美奐，功能齊全，港區內規劃有精緻的海洋生態展示區、登船碼頭、上岸碼頭、候船室、遊客航前解說室、碼頭停泊站、鯨豚救援站、觀景台、農漁特產展售室、原住民手工藝品展售室、露天咖啡座及停車場等。

遊客可至採買區採購生鮮魚貨，再至鄰近的花蓮漁港附近的商家有提供代客烹煮服務。